Automatische Konfiguration des AKTIN-Applikations-Server mit dem Installationsskript

Unser Installationsskript wurde getestet mit Debian 8 und CentOS 7. Wenn sie ein anderes System verwenden, müssen Sie die Skripte evtl. anpassen oder die enthaltenen Schritte manuell durchführen.

Bei einer Neuinstallation beachten sie bitte die Hinweise unter: Installationsvorausetzungen.

Beachten Sie bitte ob Java installiert ist, falls eine bestehende Betriebsversion verwednet wird. Es wird die Version 8 vom Openjdk installiert, sind bereits niedrigere Versionen von Java installiert, kann dies zu Problemen bei der Installation und dem Betrieb führen.

Mit dem Befehl

uname -a

können Sie die Distribution des Linux-Systems herausfinden. In der Konsole sehen Sie dann ähnlich dem Folgenden:

Linux debian-8 3.16.0-4-amd64 #1 SMP Debian 3.16.7-ckt20-1+deb8u1 (2015-12-14) x86_64 GNU/Linux

Um das Skript zu starten, brauchen Sie einen Konsolenzugang zum Server. Wechseln Sie zunächst zum Benutzer root (z.B. via su -). Anschließend können Sie unser Paket unter folgendem Link herunterladen:

http://www.aktin.org/software/repo/org/aktin/dwh/dwh-install/0.10.1/dwh-install-0.10.1.tar.gz

z.B. mit

# wget http://www.aktin.org/software/repo/org/aktin/dwh/dwh-install/0.10.1/dwh-install-0.10.1.tar.gz

(evtl. mit Option --no-check-certificate bei Zertifikatfehlern).

Wenn das Paket heruntergeladen ist, kann es entpackt werden mit

tar xvzf dwh-install-0.10.1.tar.gz

Die Dateien werden dann automatisch in den Ordner aktin-dwh-installer entpackt.

Die Installation benötigt Zugriff auf das Internet - speziell die jeweiligen Repositories und die Server der Universität Oldenburg, um die benötigten Pakete herunterzuladen.

Unter Debian 8, starten Sie nun das Skript

./aktin-dwh-installer/install_debian.sh

Unter CentOS 7, starten Sie nun das Skript

./aktin-dwh-installer/install_centos.sh

SELinux wird in dem Prozess deaktiviert. Sollten Sie SELinux verwenden wollen müssen Sie es entsprechend manuell konfigurieren - oder die Skriptinhalte selektiv manuell ausführen.

Die Installation kann bis zu 20 Minuten dauern. Um die Konsolenausgaben umzuleiten, können Sie alternativ auch

./aktin-dwh-installer/install_debian.sh > install-aktin-dwh.log

ausführen. Die Logausgaben finden Sie dann in der Datei install-aktin-dwh.log.

Während der Installation werden Sie zur Konfiguration der aktin.properties aufgefordert. In dieser muss als minimal Anpassung ein an Sie ausgebebender Api-Key hinterlegt werden, unter broker.keys=XXXyourapikeyXXX. Des Weiteren sollen sie ihre E-Mail-Konfiguration testen. Für beides finden sie Informationen unter: https://aktin.org/software/0.10.1/server/update-manual.html

Für das Anpassen der Datei aktin.properties muss folgender Befehl ausgeführt werden:

nano /BENUTZERNAME/aktin-dwh-installer/dwh-update/aktin.properties

Anschließend muss die Datei aktin.properties in das Konfigurationsverzeichnis des Anwendungsservers kopiert werden. Dies können sie mit folgendem Befehl vollziehen:

cp -v /BENUTZERNAME/aktin-dwh-installer/dwh-update/aktin.properties /opt/wildfly-9.0.2.Final/standalone/configuration/aktin.properties

Die Befehle bezüglich der Datei aktin.properties werden Ihnen auch beim Installationsvorgang angezeigt.

Nach den erfolgreichen Anpassungen müssen Sie nochmals das Installationsskript starten:

Unter Debian 8, starten Sie nun das Skript

./aktin-dwh-installer/install_debian.sh

Unter CentOS 7, starten Sie nun das Skript

./aktin-dwh-installer/install_centos.sh

Nach der Installation der notwendigen Pakete und der Einrichtung der Dienste sowie des i2b2 ruft der Installationsskript den neusten Updateskript auf, um die Einrichtung der neusten Software des Aktin-Projektes sowie die weiteren Anpassungen durchzuführen. In diesem Schritt kann der Skript unterbrochen werden, sollte Angaben Ihrerseits nötig sein. Auf die Angaben werden Sie in der Konsole hingewiesen.

Informationen zum Update finden Sie unter skriptbasierten Update oder manuellen Update.

Bevor die Funktionalität des Servers getestet werden, benötigt der Server evtl. noch wenige Minuten, um alle beteiligten Dienste zu starten und einzurichten.

Nach der erfolgreichen Installation können Sie auf der Seite http://IHRSERVER/aktin/admin/test/ die Funktionalität testen.

Sollten Sie Fragen zur Installation haben oder Probleme begegnen, kontaktieren Sie uns gerne unter it-support(at)aktin.org

Test des Data Warehouse

Wenn die Installation erfolgreich durchgeführt wurde, kann anschließend per Web Browser auf das integrierte Data Warehouse zugegriffen werden. In der Adresszeile muss die entsprechende IP-Adresse / Servername angepasst werden: http://IHRSERVER/webclient/

Test der Importschnittstelle

Die Importschnittstelle des Servers kann mit den Client-Programmen aus dem Software-Paket (ZIP) des Demo-Server getestet werden:

java-client-fhir.bat http://IHRSERVER/aktin/cda/fhir/Binary examples\basismodul-beispiel-storyboard01.xml

Test der Verbindung und E-Mail-Konfiguration

Unter dem Link http://IHRSERVER/aktin/admin/test/ kann man die durchgeführten Anpassungen bezüglich Broker und E-Mail sowie Reporterstellung testen.

Der erste Button testet die Erreichbarkeit des zentralen Aktin-Broker. Der lokale Server übersendet dem zentralen Broker nur Statusinformationen wie die Serverversion und Aktivität. Der zweite Button testet die oben eingerichtete E-Mail-Adresse. Diese sendet nun eine E-Mail an die in aktin.properties angegebene Ziel-Adresse. Der dritte Button testet die R Bibliotheken. Diese werden zur Erzeugung der Berichte verwendet.

Sollte der E-Mail-Test fehlschlagen und das Textfeld zeigt keine grüne Erfolgsmeldung wie in dem obigen Bild, sondern Fehlermeldungen, könnte dies ein Hinweis auf fehlerhafte E-Maile-Einstellung sein. In dem Fall muss man die E-Mail-Konfiguration ändern wie in Abschnitt “E-Mail-Konfiguration und Änderungen” und die Softwarepakete erneut laden.